Après avoir évoqué ce problème sur les forums de Fedora-Fr, Remi a apporté une solution : la directive installonlypkgs de /etc/yum.conf, pour ma config :

installonlypkgs = kernel, kernel-smp, kmod-nvidia, kmod-fglrx, kmod-ntfs, lirc-kmdl

Je me retrouve donc à booter sur mon ancien kernel avec tous ses kmods mais en ayant déjà le future de prêt n'attendant que le kmod lirc-kmdl